Le calcul des heures supplémentaires en cas d’annualisation et d’arrêt maladie fait l’objet d’une jurisprudence récente importante. En effet, la Cour de cassation (Cass. soc. 3 juin 2026) a fixé la méthode de calcul applicable lorsqu’un salarié est absent pour maladie pendant une période d’annualisation. Ainsi, les élus CSE doivent vérifier que les bulletins de paie appliquent correctement cette règle. Par conséquent, tout écart peut être contesté devant l’employeur ou le conseil de prud’hommes.
Heures supplémentaires et annualisation : la méthode de calcul après arrêt maladie
L’annualisation du temps de travail avec arrêt maladie soulève une question complexe : comment calculer les heures supplémentaires effectuées avant l’arrêt ? D’une part, les heures réalisées avant l’arrêt doivent être prises en compte dans le compteur annuel. D’autre part, les heures théoriques non effectuées pendant l’arrêt ne se convertissent pas en heures supplémentaires. Toutefois, si le salarié a dépassé le seuil annuel avant son arrêt, les heures excédentaires restent dues. En revanche, l’arrêt maladie ne peut pas générer des heures supplémentaires fictives.
Rôle des élus CSE dans le contrôle du calcul des heures supplémentaires
Les élus CSE ont la capacité de contrôler le calcul des heures supplémentaires lors d’une annualisation. En pratique, ils peuvent demander la communication des compteurs d’heures et des bulletins de paie via leur droit d’accès aux informations. De plus, ils peuvent interpeller l’employeur en séance sur les modalités de calcul appliquées. Ainsi, si une irrégularité est constatée, le PV de la réunion CSE doit la mentionner explicitement pour créer une trace utile en cas de contentieux.
⚖️ Annualisation du temps de travail et arrêt maladie : la Cour de cassation fixe la méthode de calcul des heures supplémentaires
📅 Juin 2026 · 👁️ 254 impressions
🔎 Un arrêt maladie en pleine période haute peut faire perdre des heures supplémentaires à un salarié annualisé.
La Cour de cassation vient de poser la méthode de calcul (Cass. soc., 3 juin 2026, n° 24-19.545, FS-B), en rattachant sa solution à un précédent de 2010 (Soc., 13 juillet 2010, n° 08-44.550).
Le contexte : l’annualisation du temps de travail
Dans une entreprise qui annualise le temps de travail, les heures supplémentaires ne se comptent pas semaine par semaine mais en fin de période, au-delà d’un seuil — typiquement 1 607 heures pour une moyenne de 35 h (art. L. 3121-41 et s. du Code du travail).
La question tranchée
Que faire des semaines de maladie tombées en période de forte activité, celles que le salarié aurait travaillées à 42 ou 44 h ? Les ignorer reviendrait à lui faire perdre des heures qu’il aurait réellement accomplies.
La méthode en 3 étapes
La Cour juge que, en l’absence de dispositions conventionnelles plus favorables, le seuil de déclenchement doit être abaissé de la durée de l’absence survenue en période haute, évaluée sur la base de la durée hebdomadaire moyenne :
- Évaluer l’absence en période haute, à la moyenne (35 h × 2 semaines = 70 h)
- Retrancher du seuil pour obtenir un seuil propre au salarié (1 607 − 70 = 1 537 h)
- Compter les heures réellement travaillées ; au-delà de ce seuil individualisé, ce sont des heures supplémentaires.
Exemple concret : un salarié absent deux semaines en période haute, qui a réellement travaillé 1 553 h, déclenche 1 553 − 1 537 = 16 heures supplémentaires. Au seuil plein de 1 607 h, il n’aurait rien touché.
La règle coupe dans les deux sens
Dans l’affaire jugée, la Cour a d’ailleurs cassé un calcul d’appel trop favorable à la salariée : seules comptent les absences de période haute, valorisées à la moyenne, et non l’intégralité des absences décomptées au réel.
Le point ouvert : les absences en période basse
L’arrêt ne vise que la période haute. Transposer mécaniquement l’abaissement de 35 h par semaine pour les absences en période basse pourrait créditer le salarié absent de plus d’heures que ses collègues présents. Un accord clair dans votre accord d’aménagement lèverait l’ambiguïté.
Ce que les élus CSE doivent retenir
À la prochaine clôture de période, demandez le détail du calcul pour chaque salarié ayant eu un arrêt maladie en saison haute. Un seuil laissé à 1 607 h, c’est une réclamation à chiffrer.
Source : Cass. soc., 3 juin 2026, n° 24-19.545, FS-B, cassation partielle (ECLI:FR:CCASS:2026:SO00509).
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